اين اصول نقش مهمى دراستدلال و استنباط احكام فقهى ايفامى‏ كنند به طورى كه با طرد حجيت اخبار آحاد يكى از مهم ترين ابزار  استدلال مولف به‏شمار مى‏روند. موارد زير از اين قبيل است: الف) اصل برائت ذمه: آن جا كه دليلى برحكم(معمولا حكم وجوبى يا استحبابى) نيست.((207)) درصفحه‏137 مساله‏36، درخصوص حدث نبودن فعل كبيره مى‏فرمايد: قد بينا ان ما تعم به البلوى و يتكرر حدوثه لابد من ايراد بيان حكمه موردا يقطع العذر ويثلج‏الصدر، وعلى هذا عولنا فى ان مس الذكر لاينقض الوضوء، ولوكان فعل المعصيه حدثا فى‏نفسه لوجب ان يرد ذلك ورودا يقطع العذر،ويوجب العلم،ويشترك فيه الخاص والعام،كماوجب فى امثاله.((208)) ب ) شك دريقين سابق و ابقاى آن(استصحاب شك دررافع): درمساله‏38،درخصوص آن كه طهارت يقينى با حدث مشكوك زايل نمى‏شود،مى‏گويد: وعندنا ان الواجب، البناء على الاصل،طهاره كان اوحدثا،فمن شك فى الوضوء و هوعلى‏يقين من الحدث، وجب عليه الوضوء، ومن شك فى الحدث و هو على يقين من‏الوضوء، بنى على الوضوء وكان على طهارته.((209)) درجواب اين مساله و دليل آن، دايره حكم وموضوع را توسعه داده و قاعده اى كلى رادرموارد يقين سابق و شك لاحق بيان مى‏كند. ج) قاعده اشتغال ذمه: مثلا درمساله بطلان نماز كسى كه وسط نماز يا قبل ازآن حدثى از او سرزند، اين‏گونه‏استدلال مى‏كند: دليلنا على صحه ما ذهبنا اليه بعد الاجماع المتكرر ان الصلاه فى الذمه بيقين، فلا تسقط‏عنها الا بيقين، وقد علمنا ان الحدث اذا سبقه،ولم يعد الوضوء والصلاه فان ذمته ما برئت‏بيقين،واذا اعاد فقد تيقن براءه ذمته،فوجب الاعاده.((210)) اين قاعده از كاربردى بسيار گسترده برخوردار است وايشان مسائل بسيارى رابراساس آن‏اثبات واستدلال مى‏كند.((211)) برخى ادله لفظيه و قواعد اصولى مثل عام و خاص، مطلق و مقيد، وغيره نيز مورداستفاده‏سيد بوده است كه از ذكر تفصيلى آنها اجتناب نموديم. د) قواعد فقهى: مانند اصاله الطهاره چنان كه دراستدلال برطهارت مذى مى‏فرمايد: فان الاصل الطهاره، والنجاسه انما تعلم بالشرع على سبيل التجدد،ولم ينقطع عذربالشرع‏يوجب العلم فى ان المذى نجس و انه ينقض الوضوء.((212)) ه ) ادله عقليه(مستقلات): هرچند درمبانى فقهى سيد هنوز جايگاه اين مباحث تنقيح نشده بود، اما درمباحث‏فقهى‏مواردى وجود دارد كه به ادله عقلى استدلال مى‏كند. نمونه بارز اين مباحث‏كه درميان‏اصوليين كم كم به مثالى معروف تبديل شد، عدم جواز نماز در مكان غصبى است كه ايشان‏در استدلال بر آن مى‏فرمايد: وايضا فان من شكرلاط الصلاه ان تكون طاعه وقربه، ولاخلاف فى هذه الجمله،وكونهاموداه فى الدار المغصوبه يمنع من ذلك. الاترى ان عاقلا لايجوز ان يتقرب الى‏اللّهتعالى بما يعلمه قبيحا ومعصيه؟ ولاشبهه فى ان الصلاه فى الدار المغصوبه قبيحه و معصيه‏لان العقل دال على قبح تصرف الغاصب فى الدار لانه ظلم ويجرى تصرفه فى الدار مجرى‏تصرفه فى ا لمال المغصوب وصلاته فى الدار ليس سوى تصرفه فيها.((213)) سپس دليل جايز نبودن نماز در لباس غصبى را چيزى غير از دليل فوق مى‏داندومى‏فرمايد: فاما الصلاه فى ا لثوب المغصوب فلايمكن ان يقال فيه ما قلناه فى الصلاه فى الدارالمغصوبه، ومن يوافقنا فى ان الصلاه فيه غير جائزه، يعتمد على انه منهى عنه، وان النهى‏يقتضى الفساد ونفى الاجزاء. ايشان با قاعده نهى از شى‏ء موجب فساد است، مخالفت مى‏كند و ادامه مى‏دهد: وهذا ليس بمعتمد،لانا قد بينا فى مسائل اصول الفقه ان النهى بظاهره ومجرده لا يقتضى‏فساد المنهى عنه و نفى اجزائه. آن گاه بطلان نماز درلباس غصبى را از راه دليل اشتغال ذمه اثبات مى‏كند. لازم‏به ذكر است‏كه اين بيانات اقتضاى دقت و تامل بسزايى دارد، چون مبانى عقلى فقه سيد مرتضى، بسته‏به همين مباحث است.